提升小麦蛋白应用的便利性及综合利用价值，目前运用领域最广，效果最好的就是利用酶解法将小麦蛋白的分子量减小，让其空间结构改变，生成多肽分子或更小分子的氨基酸，生产出小麦蛋白多肽，从而改善其功能性。酶解小麦蛋白做肽或者氨基酸，常用的水解酶有木瓜蛋白酶、中性蛋白酶、复合蛋白酶、风味酶、嗜热蛋白酶、胰蛋白酶、胃蛋白酶等。经过大量数据证明：采用多种酶制剂，通过定向酶切及特定小肽分离技术获得的小麦蛋白多肽具有水溶性好、分散稳定、易吸收、生物活性强等特点，可被广泛的应用到各行各业。