选择合适的酶制剂尤为重要。以“鹅肌肽”含量及活性为指标，通过正交试验确定木瓜蛋白酶对金枪鱼蛋白分子分解释放效果比较理想，同时再选择风味酶对肽链末端进行修饰，得到金枪鱼肽含量较高的二肽和三肽，更利于人体吸收利用，产生更好的作用效果。

金枪鱼肽是以金枪鱼肉作为原料，通过蛋白酶对金枪鱼进行酶解，常见的蛋白酶是木瓜蛋白酶、中性蛋白酶，使其蛋白质分解成较小的肽段和氨基酸。蛋白质经蛋白酶水解处理后，能改善其水溶性，提高其营养价值或释放出具有某种生物活性的肽段。

 酶水解法通过选取合适的蛋白酶，如碱性蛋白酶，中性蛋白酶，胃蛋白酶，木瓜蛋白酶和胰酶等酶制剂在适宜的条件下对蛋白质进行水解，水解产物通过超滤膜分级获得活性肽片段。酶水解法条件温和，反应过程可控性强，产物安全性高，不产生消旋作用且产物纯度高，易分离。